El Bayern ganó la Copa por 3-2 para completar un triplete histórico. El 1 de junio, equipacion barça Müller marcó de penalti en la final de la Copa de Alemania. Müller anotó 23 goles totales en la temporada (incluyendo todas las competiciones), 13 en la Bundesliga, uno en la Copa, ocho en la Liga de Campeones y uno en la Supercopa que el Bayern ganó 2-1. Son las mejores estadísticas de Müller en una temporada hasta la fecha.